Sindicatele din agricultură şi alimentaţie ocupă un loc important în mişcarea sindicală din Republica Moldova, fiind cele mai numeroase şi avînd o istorie de peste 100 de ani. Actuala denumire – Federaţia Naţională a Sindicatelor din Agricultură şi Alimentaţie „Agroindsind” – a fost aprobată în 1997 la Congresul III (extraordinar) al sindicatului lucrătorilor din Complexul agro-industrial, care a declarat principiul federativ de organizare şi statutul de sindicat independent. Tot la acest Congres au fost adoptate documente importante de ordin normativ şi conceptual –  rezoluţiile „Situaţia la moment şi necesitatea renovării sindicatului”, „Apartenenţa la sindicat şi rolul liderului sindical”, „Sistemul educaţional – de la concepţie spre realizare”, „Direcţii principale de protecţie social-economică a membrilor de sindicat în condiţiile economiei de piaţă”, „Promovarea politicii financiare”, „Relaţiile externe şi internaţionale ale FNSAA” şi altele, în care s-a declarat necesitatea schimbărilor radicale în legătură cu noile condiţii social-economice şi trecerea la economia de piaţă. Au fost numiţi doi piloni ai reformei – schimbarea mentalităţii membrilor de sindicat şi transferarea accentului pe activitatea organizaţiilor primare, inclusiv prin extinderea autonomiei lor, ridicarea responsabilităţii organelor elective faţă de membrii sindicatelor, recăpătarea încrederii salariaţilor. În realizarea reformei sindicale un rol important l-a avut sistemul educaţional, conceput în formula existentă în anul 1996, care propus metode, idei noi şi forme democratice în realizarea procesului de instruire, educaţie, informare.

În anii 2004-2006 Federaţia “Agroindsind” a trecut prin momente grele, cauzate de scindarea mişcării sindicale din ţară, alte cauze de ordin sindical, politic, economic, etc. Au părăsit Federaţia mai multe organizaţii, care s-au afiliat la alte formaţiuni sindicale – Federaţia “SINDPARC” şi Federaţia Muncii. Liderii acestor sindicate au reuşit să treacă peste animozităţile existente şi la 25 ianuarie 2007 a avut loc Congresul de reintegrare a Federaţiei “Agroindsind”. La acelaşi congres la Federaţia “Agroindsind” s-a afiliar şi Federaţia Sindicatelor din Silvicultură din Republica Moldova “Sindsilva”.